Kovuşturma evresi, iddianamenin kabulüyle başlayıp hükmün kesinleşmesi sonrası infaz evresinin başlangıcına kadar işleyen süreçtir.
İddianamenin kabulü sonrası mahkeme duruşma gününü belirler ve duruşmaya gelmesi gereken kişileri çağırır. Duruşmalar kural olarak herkese açıktır. Ancak kanunda sayılan bazı hallerde duruşmalar hakkında mahkeme duruşmaların kapalı olmasına karar verebilir. (CMK m.182) Duruşma sanığın kimlik tespitiyle başlar ve tanıklar dışarı çıkarılır. Daha sonra mahkeme başkanı tarafından iddianame veya iddianame yerine geçen belgede yer alan suçlamanın dayanağını oluşturan eylemler ve deliller ile suçlamanın hukuki nitelendirmesi anlatılır. Hukuki nitelendirmenin anlatılması sonrası sanığa sorgudan önce bir avukatın hukuki yardımından yararlanabileceği ve kovuşturma aşamasında delil gösterme ve bu ve bu delillerin toplanmasını isteme hakkının olduğu anlatılır. Suçlamanın hukuki nitelendirilmesinin ardından sanığın açıklama yapmaya hazır olduğunu bildirmesiyle sorgu işlemi başlar. Mahkeme başkanı tarafından sorguya çekilen sanığa olayla ilgili sorular sorulurken aynı zamanda hakim delillerin ikame edilmesini sağlar. Uygulamada sanıklar olayla ilgisi olmayan ve yargılamaya hiçbir etkisi olmayan beyanlarda bulunmaktadır. Bu durum yargılamaların uzun sürmesine ve konunun dağılmasına neden olmaktadır.
Sanığın sorgusundan sonra yargılama kapsamında delillerin ortaya konulması aşamasına geçilir. Kanuna aykırı olarak elde edilen deliller, olayı ispatlamayan ve karara etki etmeyen deliller ve davayı uzatma maksadıyla ileri sürülen deliller mahkeme tarafından reddedilir.
Delillerin ortaya konmasından sonra dinleme ve okuma sonrası diyeceğin sorulması aşamasına geçilir Bu aşamada suç ortağının, tanığın veya bilirkişinin dinlenmesinden ve herhangi bir belgenin okunmasından sonra bunlara karşı bir diyecekleri olup olmadığı katılana veya vekiline, Cumhuriyet savcısına, sanığa ve müdafiine sorulur.(CMK m. 215) Delillerin tartışılması sonrası mahkeme başkanı olayı, huzuruna getirilmiş olan deliller ve sorgu işlemiyle konu hakkında bir kanaate varmaya çalışır. Hâkim, kararını ancak duruşmaya getirilmiş ve huzurunda tartışılmış delillere dayandırabilir. Bu deliller hâkimin vicdanî kanaatiyle serbestçe takdir edilir. (CMK m.217) Karar duruşmasında sanığa göre solda bulunan cumhuriyet savcısından esas hakkında mütalaası istenir. Cumhuriyet savcısı sanığın cezalandırılmasını talep edebileceği gibi sanığın beraatini veya sanığın cezalandırılmasına yer olmadığı yönünde kamu adına talepte bulunabilir. Katılan veya vekili, sanık müdafiinin beyan ve savunmalarında sonra karardan önce son söz hazır bulunan sanığa aittir. Mahkeme başkanı tarafından karar açıklanır ve duruşma biter ancak kovuşturma henüz bitmemiştir. Kovuşturmanın bitmesi için hükmün kesinleşmesi gerekmektedir. Hükmün kesinleşmesiyle birlikte kovuşturma evresi sona ererken kararın bir yaptırım içermesi halinde infaz aşamasına geçilir.
Yetkili ve görevli mahkeme bünyesinde yapılan yargılamanın bu safhası, içinde barındırdığı teknik detaylar açısından çok önemli ve hassas bir süreç olmakla beraber dosyanın ve duruşmaların dikkatli bir şekilde takip edilmesi gerekmektedir. Yapılan yargılamalarda avukatlık hizmetine başvurmak zorunlu olmamakla beraber kovuşturma evresinde profesyonel avukatlık hizmeti alınması hak ve özgürlüğün kaybedilmemesi adına çok önemlidir.
